plum bark necrosis stem pitting associated virus
Primeras detecciones de plum bark necrosis stem pitting associated virus en cerezo dulce en España (Autora: A.B. Ruiz-García)
11/06/21 18:11 ..... Divulgacion
En prospecciones en un area de cultivo de cerezo se analizaron muestras para estudiar el estado sanitario del cerezo. En el marco de esta prospección, se analizó una muestra (P7) de un cerezo dulce (Prunus avium), del cultivar Planera, que mostraba enrojecimiento y manchas necróticas en las hojas y se analizó mediante secuenciación masiva (HTS) con la plataforma NextSeq 500. El análisis de datos se realizó utilizando el software CLC Genomics Workbench 10.1.1 y Geneious 9.1.8. Después del control de calidad realizado por el software CLC, la muestra P7 rindió 42.683.262 lecturas. El ensamblado de novo produjo un total de 6.270 contigs (tamaño promedio de 1.884 nt). Los contigs posteriormente se analizaron por BLASTN y BLASTX. Este análisis mostró que ocho contigs estaban relacionados con el virus plum bark necrosis stem pitting associated virus (PBNSPaV). Tabién se detectó la presencia del virus cherry virus A representado con la presencia de 11 contigs.
Se realizó un análisis adicional mediante el mapeo de las lecturas contra todas las secuencias completas de PBNSPaV disponibles en las bases de datos utilizando el software Geneious. Los mejores resultados de mapeo se obtuvieron usando el aislado Pair-2 (KC590345) de Francia como referencia, lo que permitió la recuperación de una secuencia de 14.199 nt, que representa el genoma casi completo del aislado P7 (número de acceso de GenBank MN228561).
La identidad de nucleótidos entre el aislado P7 y el Par-2 fue del 99,27 %. Para confirmar la presencia de PBNSPaV en la muestra P7, se realizó la amplificación de una región parcial del gen CP por RT-PCR utilizando los cebadores específicos PBN-CP-F y PBN-CP-R. El producto de PCR de 301 pb obtenido (MN240523) fue secuenciado por Sanger y confirmó con 100% de identidad de la secuencia P7 recuperada por HTS (excluyendo los cebadores usados para la amplificación).
Un total de 24 muestras recogidas de la misma zona de cultivo de cerezo se analizaron mediante RT-PCR utilizando los mismos cebadores. Siete de estas muestras dieron positivo para PBNSPaV, lo que confirma aún más la presencia del virus en cerezp dulce en España. Este es el primer informe de PBNSPaV infectando cerezo dulce en España, lo que contribuye a una mejor comprensión de la epidemiología y la distribución del rango de huéspedes de este patógeno.
Se realizó un análisis adicional mediante el mapeo de las lecturas contra todas las secuencias completas de PBNSPaV disponibles en las bases de datos utilizando el software Geneious. Los mejores resultados de mapeo se obtuvieron usando el aislado Pair-2 (KC590345) de Francia como referencia, lo que permitió la recuperación de una secuencia de 14.199 nt, que representa el genoma casi completo del aislado P7 (número de acceso de GenBank MN228561).
La identidad de nucleótidos entre el aislado P7 y el Par-2 fue del 99,27 %. Para confirmar la presencia de PBNSPaV en la muestra P7, se realizó la amplificación de una región parcial del gen CP por RT-PCR utilizando los cebadores específicos PBN-CP-F y PBN-CP-R. El producto de PCR de 301 pb obtenido (MN240523) fue secuenciado por Sanger y confirmó con 100% de identidad de la secuencia P7 recuperada por HTS (excluyendo los cebadores usados para la amplificación).
Un total de 24 muestras recogidas de la misma zona de cultivo de cerezo se analizaron mediante RT-PCR utilizando los mismos cebadores. Siete de estas muestras dieron positivo para PBNSPaV, lo que confirma aún más la presencia del virus en cerezp dulce en España. Este es el primer informe de PBNSPaV infectando cerezo dulce en España, lo que contribuye a una mejor comprensión de la epidemiología y la distribución del rango de huéspedes de este patógeno.
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