Para analizar los resultados obtenidos por la secuenciación masiva (HTS o NGS) e identificar virus conocidos y desconocidos se abordan dos estrategias, una de ellas es el ensamblado de novo a partir de las lecturas obtenidas y otra mediante el mapeo de las lecturas obtenidas con diferentes secuencias virales de referencia, tal como se describe en el esquema siguiente: