apple stem grooving virus
Primeras detecciones de apple stem grooving virus en níspero en España (Autora: A.B. Ruiz-García)
30/10/21 10:52 ..... Divulgacion
En prospecciones realizadas en áreas productoras de níspero se ha detectado por primera vez en España la presencia en este huésped leñoso del virus apple stem grooving virus con una incidencia de 6.59%.
La secuencia y caracterización genómica del primer aislado español de ASGV infectando níspero se realizó de la siguiente forma.
Se analizó por secuenciación masiva la muestra SL73.32 que dio como resultado 52.353.872 lecturas (con un promedio de tamaño de 134,34 nt). Se realizó el control de calidad con el recorte de adaptadores y de secuencias que no tenían la calidad suficiente. Las lecturas se mapearon contra el genoma de níspero para la sustracción del genoma del huésped y las 566.878 lecturas no relacionadas se sometieron a ensamblaje de novo, generando 519 contigs. Entre ellos, 7 contigs estaban relacionados, mediante análisis BLASTN/X, con el virus ASGV y tenían unos tamaños que oscilaron entre 1523 nt y 310 nt . El remapeo de las lecturas contra los contigs permitió la superposición entre algunos de los contigs y la recuperación de 3 secuencias parciales de 730, 1260 y 4291 nt que cubren el 96,7 % del genoma, faltando 98 nt en el extremo 5 prima; dos pequeñas regiones de codificación de 33 nt y 37 nt en el ORF1; y 48 nt en el extremo 3 prima, respecto a la secuencia de referencia (NC_001749). Para cubrir las dos brechas de ORF1, se realizaron RT-PCR y secuenciación de Sanger. La superposición entre las secuencias HTS parciales y las secuencias amplificadas por RT-PCR resultó en el ensamblaje de una secuencia de codificación ASGV de longitud casi completa de 6345 nt, SL73.32 (depositado en GenBank, número de acceso OK272504). SL73.32 mostró el mayor porcentaje de identidad de nucleótidos (95,1 %) con el aislado de cítricos FKSS2 (LC143387) de Japón y una similitud de nucleótidos del 83,42% con el aislado de níspero L3 de China (MK599422). Estos resultados confirman la aparición de ASGV en nísperos en España. El mapa de la organización genómica de SL73.32, cobertura promedio de HTS y similitud de proteínas de sus ORF con el aislado de ASGV más cercano (LC143387) se muestra en la Figura 1.
El estudio filogenético del aislado viral de níspero español con otros aislados en otros cultivos y con los aislados ASGV de cítricos (también denominados CTLV) se muestra en la Figura 2
La secuencia y caracterización genómica del primer aislado español de ASGV infectando níspero se realizó de la siguiente forma.
Se analizó por secuenciación masiva la muestra SL73.32 que dio como resultado 52.353.872 lecturas (con un promedio de tamaño de 134,34 nt). Se realizó el control de calidad con el recorte de adaptadores y de secuencias que no tenían la calidad suficiente. Las lecturas se mapearon contra el genoma de níspero para la sustracción del genoma del huésped y las 566.878 lecturas no relacionadas se sometieron a ensamblaje de novo, generando 519 contigs. Entre ellos, 7 contigs estaban relacionados, mediante análisis BLASTN/X, con el virus ASGV y tenían unos tamaños que oscilaron entre 1523 nt y 310 nt . El remapeo de las lecturas contra los contigs permitió la superposición entre algunos de los contigs y la recuperación de 3 secuencias parciales de 730, 1260 y 4291 nt que cubren el 96,7 % del genoma, faltando 98 nt en el extremo 5 prima; dos pequeñas regiones de codificación de 33 nt y 37 nt en el ORF1; y 48 nt en el extremo 3 prima, respecto a la secuencia de referencia (NC_001749). Para cubrir las dos brechas de ORF1, se realizaron RT-PCR y secuenciación de Sanger. La superposición entre las secuencias HTS parciales y las secuencias amplificadas por RT-PCR resultó en el ensamblaje de una secuencia de codificación ASGV de longitud casi completa de 6345 nt, SL73.32 (depositado en GenBank, número de acceso OK272504). SL73.32 mostró el mayor porcentaje de identidad de nucleótidos (95,1 %) con el aislado de cítricos FKSS2 (LC143387) de Japón y una similitud de nucleótidos del 83,42% con el aislado de níspero L3 de China (MK599422). Estos resultados confirman la aparición de ASGV en nísperos en España. El mapa de la organización genómica de SL73.32, cobertura promedio de HTS y similitud de proteínas de sus ORF con el aislado de ASGV más cercano (LC143387) se muestra en la Figura 1.
El estudio filogenético del aislado viral de níspero español con otros aislados en otros cultivos y con los aislados ASGV de cítricos (también denominados CTLV) se muestra en la Figura 2
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