apple hammerhead viroid
El níspero como nuevo huesped del viroide del manzano de cabeza de martillo (Autora: A.B. Ruiz-García)
16/12/21 12:32 ..... Divulgacion
En prospecciones de níspero en zonas productoras se detectó por primera vez como huésped alternativo un viroide que había sido descrito infectando manzano. El viroide del manzano de cabeza de martillo (AHVd). El viroide se identificó en una muestra de níspero la SL73.6 que se analizó por secuenciacón masiva. Entre los contigs relacionados con virus/viroides ensamblados a partir de datos SL73.6 HTS, se encontraron dos contigs de 489 y 376 nt relacionados con el viroide AHVd. El análisis bioinformático de estos contigs permitió la recuperación de un genoma circular completo de 376 nt cubierto por 7014 lecturas (cobertura promedio 2515.5x), el aislado AHVd-SL73.6 (depositado en GenBank, número de acceso OK272503). Para confirmar la presencia de AHVd en esta muestra, el genoma completo se secuenció mediante Sanger tras la amplificada por RT-PCR utilizando cebadores adyacentes de opuesta polaridad. Se obtuvo un producto de 376 pb, que se clonó y al secuenciarlo mediante Sanger, se confirmó la secuencia obtenida por HTS al 100%. Estos resultados muestran por primera vez la presencia de AHVd infectando al níspero, identificando así a este cultivo como un nuevo huésped de esta especie de viroide. El aislado de níspero español AHVd mostró una alta identidad de nucleótidos (93,97%) con el aislado de referencia (NC_028132, KR605506) de China, aunque el genoma AHVd-SL73.6 fue más corto (376 nt frente a 434 nt) debido a una eliminación de 56 nt en la posición genómica 55-110 y una deleción de 2 nt en la posición genómica 419-420 con respecto a la secuencia de referencia. Sin embargo, la estructura secundaria predicha para AHVd-SL73.6 mostró un plegamiento similar a los descritos previamente, resultando en una conformación característica de Pelamoviroides compuestos por un dominio en forma de barilla que contiene los nucleótidos que forman la estructura de cabeza de martillo y un dominio multiramificado.
En la siguiente figura se observa la estructura secundaria del viroide aislado de níspero.
En la siguiente figura se observa la estructura secundaria del viroide aislado de níspero.
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orcid.org/0000-0001-8406-7963