Primera detección en España de PeSV en granado (Autora: A.B. Ruiz-García)
16/09/21 10:19 ..... Divulgacion
En nuestro laboratorio se analizaron muestras de hojas de granados que crecían en Alicante (España) y que mostraban manchas cloróticas a lo largo de las nervaduras. Para identificar con seguridad el agente causal se procedió a realizar un análisis mediante secuenciación masiva RNAseq (HTS, tecnología TrueSeq Illumina). Los datos se analizaron utilizando CLC Genomics Workbench 10.1.1. Se realizó el control de calidad y la sustracción del genoma del huésped. El ensamblado de novo de las 1887133 lecturas generó 10.946 contigs (> 200 nt), de los cuales 128 estaban relacionados con PeSV según el análisis BLAST (e-value < 10e–4). Estos contigs mostraron una alta variabilidad molecular lo que indicó una infección mixta por varios aislados de PeSV.
La extensión de los contig se realizó mediante el programa Geneious Prime y permitió recuperar una secuencia genómica de PeSV de 9926 nt casi completa (MZ361583, cobertura promedio 528x). Esta secuencia mostró una identidad de nucleótidos del 78,1 al 80,8 % en comparación con las secuencias genómicas de PeSV (MT680930-MT680935). No se detectó ningún otro virus en el análisis HTS.
La RT-PCR de la planta de granado original con los cebadores diseñados en este trabajo SPeSV-6F (5'-GGCTAGAAACGGTGGGATGA-3') y SPeSV-6R (5'-ACCACCTGGCTCATGGCGA-3') produjo un amplicón esperado de 165 nt, cuya secuencia fue confirmada por secuenciación de Sanger (100% de identidad de nt con la secuencia HTS).
Análisis posteriores sobre 64 árboles mostraron que 17 de ellos estaban infectados por PeSV. PeSV no se detectó en plantas asintomáticas. La mayor parte de árboles sintomáticos dieron positivo para PeSV aunque en alguno de ellos no se detectó por el método desarrollado lo que pone en evidencia la necesidad de mejorar los métodos de detección de este virus emergente en un cultivo de importancia en España como es el granado.
Para la primera descripción del granado como hospedado de PeSV y visualización con más detalle de la sintomatología producida por este virus se puede consultar la comunicación del 25 de noviembre de 2020.
La extensión de los contig se realizó mediante el programa Geneious Prime y permitió recuperar una secuencia genómica de PeSV de 9926 nt casi completa (MZ361583, cobertura promedio 528x). Esta secuencia mostró una identidad de nucleótidos del 78,1 al 80,8 % en comparación con las secuencias genómicas de PeSV (MT680930-MT680935). No se detectó ningún otro virus en el análisis HTS.
La RT-PCR de la planta de granado original con los cebadores diseñados en este trabajo SPeSV-6F (5'-GGCTAGAAACGGTGGGATGA-3') y SPeSV-6R (5'-ACCACCTGGCTCATGGCGA-3') produjo un amplicón esperado de 165 nt, cuya secuencia fue confirmada por secuenciación de Sanger (100% de identidad de nt con la secuencia HTS).
Análisis posteriores sobre 64 árboles mostraron que 17 de ellos estaban infectados por PeSV. PeSV no se detectó en plantas asintomáticas. La mayor parte de árboles sintomáticos dieron positivo para PeSV aunque en alguno de ellos no se detectó por el método desarrollado lo que pone en evidencia la necesidad de mejorar los métodos de detección de este virus emergente en un cultivo de importancia en España como es el granado.
Para la primera descripción del granado como hospedado de PeSV y visualización con más detalle de la sintomatología producida por este virus se puede consultar la comunicación del 25 de noviembre de 2020.
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