El movimiento de material vegetal infectado, con o sin síntomas, y el comercio legal e ilegal, han sido y continúa siendo la principal causa de dispersión de agentes patógenos a larga distancia. Por tanto son muy importantes los métodos de inspección de virus y viroides en especies leñosas, arbustivas y en fresa. La toma de muestras es muy dependiente de la especie y periodo vegetativo. Así, en reposo invernal, se deben tomar, dardos, yemas, corteza, ramas, madera de poda o planta entera. En periodos vegetativos como primavera, se tomarán flores, hojas expandidas, dardos brotados, ramilletes de mayo o planta entera. En verano, hojas, frutos o planta entera y en otoño, hojas o yemas. Se debe realizar la toma de muestras en órganos con síntomas independientemente del pasaporte fitosanitario o certificado de origen.

La leprosis de los cítricos está asociada a dos tipos de agentes causales:

- Citrus leprosis virus tipo citoplásmico (CiLV-C1 y CiLV-C2)
- Citrus leprosis virus tipo nuclear (CiLV-N)




Huéspedes:
Citrus spp.
Pomelo (C. paradisi)
Naranjo (C. sinensis)
Limonero (C. limon)
Mandarino (C. reticulata)

Distribución geográfica:
USA (Florida)
Argentina
Brasil
Paraguay
Uruguay
Venezuela
Costa Rica
Panamá
Honduras
Guatemala
Bolivia
México
Colombia
Región EPPO: Ausente



El virus es transmitido por ácaros del género Brevipalpus:

• Brevipalpus californicus
• Brevipalpus obovatus
• Brevipalpus phoenicis

Síntomas:

• Produce pérdidas considerables por el manchado y caída prematura del fruto (superior al 50% de producción), debilitamiento de los árboles como consecuencia de los chancros que causa en las ramas y los brotes.
• Forma lesiones cloróticas, a veces con necrosis central que evoluciona a chancros de 5-6 mm de diámetro. En frutos a veces presentan depresiones pero no afectan a gajos
• En brotes y hojas los chancros son planos o ligeramente prominentes y pueden formar manchas concéntricas o presentar impregnación de goma
• Las frutas con lesiones no tienen valor comercial
• Las manchas en hojas y fruta, su caída temprana y muerte de ramas suponen además un peligro para la planta

Impacto económico:
La enfermedad de la leprosis es una de las enfermedades económicamente más importantes que representa millones de dólares de daños en países donde está establecida, y es una amenaza países productores sin la enfermedad (CABI 2014). Por ejemplo, el control de la leprosis representa en Brasil el 24% del coste de producción sobre todo en el control químico del vector. Desde 1990 es la enfermedad más importante que afecta a la industria brasileña y Panamá detectó la leprosis en 1999 y tiene un programa de erradicación muy costoso.

Los virus de RNA de polaridad negativa también infectan plantas aunque no son tan abundantes como los de polaridad positiva. Su número está aumentando debido al empleo de NGS que está dando a conocer la presencia de muchos de ellos infectando plantas.

Los más importantes se clasifican en

Orden Mononegavirales

• Familia Rhabdoviridae

• Género Cytorhabdovirus
• Género Dichoravirus
• Género Nucleorhabdovirus
• Género Varicosavirus

Orden Bunuyavirales

• Familia Fimoviridae

• Género Emaravirus

• Familia Tospoviridae

• Género Orthotospovirus

• Familia Phenuivirdae

• Género Tenuivirus

• No asignado a familia

• Género Coguvirus

Sin Orden

• Familia Aspiviridae

• Género Ophiovirus

La enfermedad de la hoja del roditis es una enfermedad de vid que se conocía en Grecia desde los años 80 y su la labor de nuestro laboratorio fue clave para el descubrimiento de su etiliología. Empleando la tecnología de la secuenciación masiva con la plataforma IonTorrent se logró secuenciar un nuevo virus de ADN que estaba infectando muestras con la enfermedad.



Se empleó el chip 318 y se seleccionó una muestra de una viña de 20 años con claros síntomas de la enfermedad.



El análisis de la muestra reveló un nuevo virus con la organización genómica de los virus del género Badnavirus
Su genoma incluía 3 marcos de lectura abiretos (ORFs) y un posible 4º (no típico de Badnavirus)

ORFs  1, 2 and 4 codifican para proteínas de 17.1, 15.1 and 16.2 kDa, mientras que el ORF3 codifica para una poliproteína de 211 kDa (con dominios relacionados con movimiento, encapsidación, proteasa, transcriptas reversa y RNase H)



El nuevo badnavirus se asoció a la enfermedad, puesto que se detectó en todas las muestras sintomáticas analizadas (20 de 20) y sólo en dos muestras de las 7 asintomáticas analizadas (2 de 7).

Este nuevo virus se ha detectado posteriormente en otros países como Italia y Turquía y se EPPO lo a incluido en sus alertas.

La secuenciación masiva (NGS o HTS) es una tecnología que permiten la secuenciación simultánea de millones de secuencias de ácidos nucleicos presentes en una muestra.
Esto es posible gracias al avance de la tecnología que ha permitido el desarrollo de equipos capaces de realizar de forma simultánea la secuenciación de DNA de millones de fragmentos diferentes de ADN.

Así pues, empleando esta tecnología, es potencialmente posible la detección de cualquier virus que esté presente en una muestra de una planta.



Esta tecnología puede usarse para reemplazar una amplia gama de métodos convencionales, ya que además tiene potencial para identificación de virus tanto conocidos como desconocidos.

Básicamente el proceso es sencillo: 1) se selecciona una muestra; 2) se purifican los ácidos nucleicos de la muestra; 3) se preparan genotecas, es decir los ácidos nucleicos se trocean y se les añaden adaptadores para que sea posible realizar una reacción de PCR a la vez en todas los trozos con los adaptadores; 4) el equipo secuencia millones de estos fragmentos y 5) se realiza un análisis bioinformático para averiguar que virus hay presentes





En el campo de la virología vegetal, HTS está revolucionando la comprensión de los científicos sobre la naturaleza ubicua de los virus y demuestra claramente que apenas estamos comenzando a conocer la gran diversidad viral previamente desconocida.

Se puede aplicar para abordar diferentes campos de la virología:

-Etiología viral

-Caracterización de virus

-Taxonomía

-Genética de poblaciones

-Desarrollo de métodos de diagnóstico

En los últimos años se han descrito una gran cantidad de virus nuevos mediante el empleo de esta tecnología, se ha propuesto la creación de nuevos géneros y el conocimiento adquirido ha conllevado una continua revisión de la taxonomía.

Hay una serie de virus de cítricos de enorme importancia por sus implicación económicas y agronómicas

Entre los virus de los cítricos no presentes en la UE destacan:

El virus que se asocia a la enfermedad de la clorosis nervial de los cítricos. Esta enfermedad está causada por un virus recientemente identificado del género Mandarivirus la especie Citrus yellow vein clearing virus.
Este virus se ha encontrado en China, Pakistán, Turquía, India e Irán.
Fundamentalmente afecta a limonero produciendo una gran necrosis y clorosis nervial, además de distorsión de hojas en limonero con reducción significativa de producción y calidad de fruta. Además se transmite por vectores A. spireacola y Dialeurodes citri.

Otro virus importante es el virus del mosaico amarillo de los cítricos presente en India. Es un virus transmitido por Planococcus citri. Produce síntomas en mosaico en hojas infectadas. Produce síntomas en naranjo amargo, reduciendo el tamaño de las hojas y hace que los árboles infectados sean raquíticos. El agente causal es Citrus yellow mosaic virus. Es un Badnavirus que puede integrarse en el genoma de la planta y por tanto su control es muy difícil y es de cuarentena en muchos países incluyendo EEUU o Nueva Zelanda.

La psoriasis severa transmisible, es una enfermedad de importancia en los países que la tienen. Esta enfermedad está producida por Citrus psorosis virus B, un Ophiovirus. La psoriasis tipo B es muy agresiva y tiene un desarrollo rápido, incluso en ramas secundarias. Está persente en Argentina e Uruguay. Se ha sugerido su transmisión por áfidos y se ha asociado a transmisión por el hongo Olpidoium brassiacae.

La muerte súbita de los cítricos de es una enfermedad muy grave que se ha descrito en Brasil, que afecta a árboles injertados sobre lima Rangpur, Citrus volkameriana, Citrus jambiri y Citrus pennivisiculata. El decaimiento del naranjo puede ser tan rápido que el árbol que no se produce la abscisión de los frutos, quedando todavía en el árbol muerto y seco. Se observa una coloración amarilla en el tronco del patrón. La enfermedad se transmite por T. citricida y A. spiraecola. Se ha asociado a la presencia de varios virus entre los que se ha identificado un tymovirus, un genotipo de la especie Citrus sudden death-associated virus.

Otro virus de importancia es el Citrus chlorotic associated dwarf virus. Presente en Turquía. Transmitido por mosca blanca. Afecta a todas las variedades de limonero, a la mayor parte de mandarinos e híbridos, produciendo abolladuras y variaciones en hojas maduras y tamaño reducido de la planta con deformaciones y fuerte clorosis.

Citrus tatter leaf virus es un capillovirus y aunque en la mayoría de cítricos es asintomático el injerto de Poncirus trifoliata con hibridos infectados produce aparición de síntomas graves como enanismo, amarilleamiento, defoliación, mariñaque por encima de la linea de injerto y falta de unión.


Hay dos viroides de cítricos de importancia:

El viroide de la caquexia o xiloporosis Citrus cachexia viroid produce amarilleamiento progresivo de la copa del árbol por pérdida de follaje, detención del crecimiento y finalmente la muerte del árbol. La unión del injerto presenta miriñaque con acanaladuras en tronco impregnadas de goma. De hecho la caquexia es una variante agresiva de Hop stunt viroid.

El viroide de la exocortis Citrus exocortis viroid produce grietas verticales y escamas en la corteza, manchas amarillas y enanismo y decaimiento.

El virus de la tristeza de los cítricos (CTV) fue introducido en Valencia entre los años 1930 y 1935, probablemente desde California (USA). El primer brote epidémico tuvo lugar en 1957 tras helada de 1956 en la Ribera Alta. Los síntomas que aparecieron fueron decaimiento y muerte de naranjos dulces, mandarinos, limas y pomelos injertados en naranjo amargo o agrio. Se trataba de una enfermedad de combinación / decaimiento lento (meses, años) y colapso (días)

En España CTV la muerte de alrededor de 50 millones de árboles entre 1935 y 2009

1935-1989 20 millones / 54 años
1990-2009 30 millones / 19 años

Tras la manifestación epidémica y masiva de 1957 se realizó la primera detección oficial en 1959 y nueve años después en 1968 se prohibió el uso de naranjo agrio como patrón. Entre 1968 y 1975 se importaron variedades extranjeras libres de virus y se realizaron las primeras plantaciones sobre patrones tolerantes. En 1975 se estableció el Programa de Mejora Varietal de Cítricos

Los responsables de la dispersión de CTV antes de 1975 en España fueron varios factores: ausencia de material libre de virus, tráfico de material vegetal infectado (alta infección en algunas zonas), sobreinjerto, introducciones clandestinas y los vectores, aunque el principal responsable de la distribución de tristeza fue el hombre

A patir de 1975 con el Programa de Mejora Varietal de Cítricos, la puesta a punto de la técnica ELISA para CTV en 1979, el establecimiento de parcelas para estudios epidemiológicos y realización de prospecciones a gran escala, cambiaron la situación siendo a partir de 1990 los responsables de la dispersión de CTV, los vectores, Aphis gossypii, Aphis spiraecola y Toxoptera auranti

Un aspecto fundamental fue que a partir de 1989 se realizó una continua divulgación de recomendaciones para la reconversión citrícola española, y en 2003 el 80% de la citricultura que son unos 105 millones de árboles provenía de árboles libres de virus injertados sobre patrones tolerantes a la tristeza

El virus de la sharka, nombre que proviene de la lengua eslava y que significa viruela, produce la enfermedad más grave de los frutales de hueso o carozo, por la gravedad de los síntomas y el impacto agronómico y económico que produce. La sharka se describió por primera vez en 1917 en ciruelo y en 1933 en albaricoquero en Bulgaria por Atanasoff.
Este virus (Plum pox virus - PPV) es el único virus de Prunus transmitido de forma natural por pulgones. La enfermedad es de cuarentena por lo que la producción y movimiento de material vegetal ha de ser controlado legalmente. La sintomatología de la enfermedad se traduce en una pérdida de calidad del fruto, así como una caída prematura de los mismos.



El virus pertenece a la familia Potyviridae y concretamente al género Potyvirus con una organización genómica típica de este género. El genoma está compuesto por una molécula de ARN de cadena simple con 9.741- 9.795 nucleótidos que tiene una proteína unida a su extremo 5’ (VPg) y una cola poliA en el extremo 3’. Los viriones son partículas flexuosas y filamentosas (750 x 15 nm).





El ARN genómico se traduce en una poliproteína que se procesa proteolíticamente por tres proteasas codificadas por el propio virus, que dan lugar una única proteína de cubierta y varias proteínas no estructurales asociadas a la replicación, al movimiento del virus y a su transmisión por pulgones.

La facilidad de transmitirse por pulgón y por multiplicación vegetativa obliga a medidas técnicas y legales de control de viveros. La enfermedad no mata los árboles infectados por lo que hay un reservorio permanente si no se arrancan los árboles infectados, y en variedades susceptibles las pérdidas pueden alcanzar el 100% de la producción.

Un estudio realizado para estimar los costes asociados a la enfermedad reveló que el control de la sharka ha requerido más de 10.000 millones € sólo entre el periodo comprendido entre 1976 y 2006 (Cambra et al., 2006. Bull. EPPO 36, 202-204).

Entre las razas del virus el tipo Marcus (PPV-M) es el más agresivo y problemático, puesto que tiene una fácil transmisión por pulgones desde cualquier Prunus a otros Prunus. Además se dispersa rápidamente entre melocotoneros y su sintomatología es más agresiva que cualquiera de las otras razas descritas hasta el momento. La presencia de este tipo de virus en zonas de cultivo de melocotonero puede tener un enorme impacto, tan alto, que la producción puede verse mermada drásticamente.

El control de PPV requiere la producción de plantas de vivero en zonas libres de PPV, evitar la introducción de aislados PPV-M agresivos en melocotonero, realizar prospecciones para la detección precoz de arboles infectados por PPV-M y erradicación. Por último es necesario se debe profundizar en los programas de mejora de la resistencia y realizar cultivo bajo malla antipulgón.

Para evitar el problema de la sharka tipo Marcus se requiere de forma imprescindible la colaboración entre el sector, los productores y viveristas y la Administración, Servicios de Sanidad Vegetal, Laboratorios de Referencia y políticos.

Prunus slicina fue descrito por primera vez como hospedador natural de PPV en España en 1984. El cv. ‘Red Beaut’ se infectó en un importante vivero de Sevilla de albaricoqueros certificados procedentes de Francia (aprox. 1982).





El cultivar protegido ‘Red Beaut’ PPV-infectados se distribuyeron legal e ilegalmente en todas las áreas de producción temprana de frutales de hueso-carozo, debido a su alto interés comercial. (1980-1986).
A pesar de los esfuerzos del Ministerio de Agricultura, fue imposible convencer a los agricultores de la necesidad de destruir los árboles infectados y erradicar una enfermedad que estaba causando ligeras pérdidas en frutos con alto valor comercial en esa época (0.8 – 1 €/kg).

…además, en aquel tiempo la técnica ELISA con anticuerpos policlonales de baja especificidad, no era fiable para detección y erradicación




‘Red Beaut’ se convirtió en una importante fuente de inóculo de PPV y los pulgones vectores dispersaron muy eficazmente el virus a otros ciruelos japoneses y albaricoqueros (damascos)



Sensibilidad a PPV-D de 24 diferentes cultivares de ciruelo japonés (Los síntomas en hojas se clasificaron en tres grupos):

Síntomas obvios:
606
Red Beaut
Ambra
Black Beaut
Durado
Santa Rosa
Sierra Plum
Golden Japan
Fortune
Autum Giant

Síntomas ligeros
Black Amber
Delbarazur (Strival)
Friar
Freedon (Larry Ann)
Ozark Premier
Wickson
Formosa
Simka

Síntomas muy suaves o sin síntomas
Carolina Harris
Catalina
Beauty (Nueva Extremadura)
Queen Rosa
Midnight Sun
Laroda
Sun Gold
Superior Angeleno
Superior Black Gold
Trompellot 1 and 2
Susy
Superior Black Diamond
Royal Diamond
Pioneer

- Los síntomas de PPV-D en hojas no se correlacionan con aquellos en frutos.
- La mayoría de los cultivares de P. salicina no muestran síntomas en frutos o los muestran muy ligeros afectando sólo a la piel.
- Los frutos desechados de árboles infectados únicamente suponen como máximo el 15%. Ello hace posible un beneficio económico incluso en plantaciones con alta incidencia de la enfermedad de la sharka.

...la producción de damascos (albaricoques) tempranos fue severamente dañada en todas las zonas mediterráneas de producción.

Los virus de plantas más comunes son los de RNA de cadena sencilla de polaridad positiva, es decir en el mismo sentido que un RNA mensajero.

Los más representativos se encuentran en las siguientes familias y géneros:

Familia Secoviridae:

• Género Cheravirus
• Género Swadavirus
• Género Sequivirus
• Género Torradovirus
• Género Waikivirus

• Subfamilia Comovirinae

• Género Comovirus
• Género Fabavirus
• Género Nepovirus

Familia Bromoviridae:

• Género Alfamovirus
• Género Anulavirus
• Género Bromovirus
• Género Ilarvirus
• Género Oleavirus

Familia Benyaviridae:

• Género Benyvirus

Familia Botourmiarividae:

• Género Botlivirus
• Género Magolivirus
• Género Ourmiavirus
• Género Scleroulivirus

Familia Closteroviridae

• Género Ampelovirus
• Género Closterovirus
• Género Crinivirus
• Género Velarivirus

Familia Kitaviridae

• Género Blunervirus
• Género Cilevirus
• Género Higrevirus

Familia Luteoviridae

• Género Enamovirus
• Género Luteovirus
• Género Polerovirus

Familia Potyviridae

• Género Bremovirus
• Género Brambyvirus
• Género Bymovirus
• Género Ipomovirus
• Género Macluravirus
• Género Poacevirus
• Género Potyvirus
• Género Roymovirus
• Género Rymovirus
• Género Tritimovirus

Familia Solemoviridae

• Género Polemovirus
• Género Sobemovirus

Familia Tombusviridae

• Género Avenavirus

• Subfamilia Calvusvirinae

• Género Umbravirus

• Subfamilia Procedovirinae

• Género Alphacarmovirus
• Género Alphanecrovirus
• Género Aureusvirus
• Género Betacarmovirus
• Género Betanecrovirus
• Género Gallantivirus
• Género Gammacarmovirus
• Género Macanavirus
• Género Machlomovirus
• Género Panicovirus
• Género Pelarspovirus
• Género Tombusvirus
• Género Zeavirus

• Subfamilia Regressovirinae

• Género Dianthovirus

Familia Virgaviridae

• Género Furovirus
• Género Goravirus
• Género Hordeivirus
• Género Pecluvirus
• Género Pomovirus
• Género Tobamovirus
• Género Tobravirus

Géneros no asignados a familias

• Género Albetovirus
• Género Aumaivirus
• Género Idaeovirus
• Género Papanivirus
• Género Sinaivirus
• Género Virtovirus

Familia Alphaflexiviridae

• Género Allexivirus
• Género Botrexvirus
• Género Lolavirus
• Género Mandarivirus
• Género Platypuvirus
• Género Potexvirus
• Género Sclerodarnavirus

Familia Betaflexiviridae

• Subfamilia Quinvirinae

• Género Carlavirus
• Género Foveavirus
• Género Robigovirus

• Subfamilia Trivirinae

• Género Capillovirus
• Género Chordovirus
• Género Citrivirus
• Género Divavirus
• Género Prunevirus
• Género Tepovirus
• Género Trichovirus
• Género Vitivirus
• Género Wamavirus

Familia Gammaflexiviridae

• Género Mycoflexivirus

Familia Deltaflexiviridae

• Género Deltaflexivirus

Familia Tymoviridae

• Género Maculavirus
• Género Marafivirus
• Género Tymovirus

Las virosis vegetales tienen unas características particulares:

• SON FRECUENTES (Fácil infección, tiempo exposición largo especialmente en plantas leñosas ...)
• HAY GRANDES POBLACIONES HOMOGÉNEAS DE PLANTAS CULTIVADAS (Inmóviles)
• SON INCURABLES (No sistema inmune) Y ES IMPOSIBLE UN CONTROL QUÍMICO
• SON TRANSMISIBLES: vegetativamente (injerto, multiplic. vegetativa), semilla, polen, vectores...

Esto hace que la PREVENCIÓN / ERRADICACIÓN / SELECCIÓN SANITARIA sean las únicas posibilidades eficaces hoy en día para su control.

Es importante conocer la taxonomía y clasificación de virus y viroides para poder mitigar sus efectos. El comité internacional de taxonomía de virus (ICTV) es el encargado de su clasificación. Así y siguiendo sus indicaciones los virus se pueden clasificar en base las características de sus ácidos nucleicos.

Hay más de 700 virus de plantas conocidos y cada día aumenta el número.

Alrededor del 69% se transmiten por vectores:

• 55% transmitidos por hemípteros siendo el 72% de estos, pulgones. Aproximadamente 275 especies de virus pertenecientes a 19 géneros y un 11% mosca blanca
• 13% transmitidos por otros insectos (Coleoptera, Thysanoptera, Ortoptera, Dermaptera, Lepidoptera, Diptera, Heteroptera)
• 2% son vectores no insectos (ácaros, nematodos, hongos, cuscuta)
• 30% contacto, semilla o polen